Pada jaman sekitar abad ke XIV, di masa perkembangan agama Hindu terdapat suatu daerah yang berada di lereng Gunung Ungaran. Daerah ini bernama Nglimut dan Kluwak. Pada waktu itu Nglimut diperintah oleh Kyai Linggasana dan Kluwak diperintah oleh Kyai Demang Sorogeni. Bersamaan itu pula masuk ajaran agama Islam ke dalam daerah tersebut. Adapun peninggalan agama Hindu masih terlihat sampai sekarang diantaranya :

1. Reruntuhan candi Argasoma

2. Lingga dan Yoni

3. Arca arca yaitu : Ganesya, Siwa dan lain lainnya.

Dengan semakin berkembangnya waktu dan keadaan maka daerah tersebut berkembang menjadi 3 desa yaitu :

1. Desa Kluwak dengan Lurahnya Kartowijoyo dengan wilayah Dukuh Krajan, Dukuh Sekacaangan dan Dukuh Nongkogabug.

2. Desa Gonoretikulon dengan Lurah bernama Kasilin yang mempunyai wilayah Dukuh Gonoretikulon, Dukuh Tangkongan (sekarang masuk ke Desa Puguh), Dukuh Segemblung

3. Desa Gonoretiwetan dengan Lurah Setjopawiro dengan wilayah Dukuh Gonoretiwetan dan Dukuh Nglimut

Dengan didasari semangat persatuan untuk menjadi lebih baik maka ke tiga Lurah tersebut bersama sama bermufakat untuk menyatukan ketiga wilayah tersebut menjadi satu dan kemudian diusulkan kepada Kanjeng Bupati Kendal Adipati Arya Notohamijoyo pada tahun 1926 dan setelah melalui pertimbangan maka Bupati Kendal pada tahun 1927 menyetujui usulan tersebut serta oleh Bupati Kendal Diberi nama DESA GONOHARJO.Nama Gonoharjo sendiri berasal dari kata GONO yang berarti arca dan HRJO yang berarti ketentraman atau kemakmuran.

Setelah penggabungan tersebut maka diadakan pemilihan Lurah yang di ikuti seluruh penduduk Desa Gonoharjo dan terpilihlah Mohommad Sholeh sebagai Lurah pertama Desa Gonoharjo pada tahun 1927. Pada saat pelantikan lurah ini lah nama Gonoharjo diresmikan oleh Bupati Kendal dihadapan rakyat Desa Gonoharjo.